Het bestuursorgaan is samengesteld uit vertegenwoordigers van de veilingen en vertegenwoordigers van de sector waaronder de beroepsorganisaties, de wetenschappelijke wereld en de overheid. Het voorzitterschap wordt waargenomen door Inge Moors, gedeputeerde Ruimtelijke Ordening, Landbouw en Platteland.
Voor de dagelijkse werking werd een dagelijks bestuur aangesteld samengesteld uit de voorzitter van het bestuursorgaan, afgevaardigden van de veilingen, een vertegenwoordiger van de sectorvakgroep fruit en een vertegenwoordiger van de universitaire centra. Dany Bylemans, algemeen directeur en Conny Doumen, administratief directeur maken deel uit van het dagelijks bestuur als adviserende leden.
Het directiecomité van pcfruit wordt geleid door de algemeen directeur Dany Bylemans.