Het logo van pcfruit verwijst naar de bloesem, het gemeenschappelijke van alle fruitsoorten, de basis voor de vrucht. De rode stip in het hart van de bloem is tevens een verwijzing naar de vorming van het fruit en pcfruit. De 3 lobben van de bloem wijzen op de 3 entiteiten die de basis vormen voor pcfruit, namelijk het vroegere Opzoekingsstation van Gorsem, de Proeftuin Pit- en Steenfruit en de Proeftuin Aardbeien en Houtig Kleinfruit. De bloem is in haar geheel tevens het symbool voor een atoom, om de wetenschappelijke onderbouw van onze organisatie te benadrukken.